Neben der Exzellenzinitiative haben Bund und Länder auch ein Programm "Innovative Hochschule" verabredet, das über zehn Jahre Fachhochschulen und kleinen Universitäten zugutekommen soll. Dieses Programm begrüßen die nordrhein-westfälischen Fachhochschulen grundsätzlich. Der Vorsitzende der Landesrektorenkonferenz der Fachhochschulen, FH-Rektor Prof. Dr. Marcus Baumann, erklärt dazu: "Wir sind froh, dass nun endlich auch Fachhochschulen in den Fokus eines großen Bundesprogramms gerückt werden. Der Standort Deutschland wird weiterhin nur erfolgreich sein, wenn z.B. über die Exzellenzinitiative sowohl bei der Inventionsforschung Geld investiert wird als auch im Innovations- und Applikationsbereich, bei dem Fachhochschulen eng mit Unternehmen zusammenarbeiten und damit dafür sorgen, dass neue Produkte made in Germany den Markt erobern können."
Kritisch beurteilen die NRW-Fachhochschulen jedoch die konkrete Ausgestaltung des Programms: "Wenn jetzt zu hören ist, dass das Programm lediglich 550 Mio. Euro in zehn Jahren umfassen und davon nur die Hälfte der Förderfälle Fachhochschulen vorbehalten sein soll, dann wird deutlich, dass dieses Programm in seinem Umfang deutlich hinter dem Volumen von Förderprogrammen, die ausschließlich Universitäten adressieren, zurückbleibt. Geht man von Summen von zwei bis vier Millionen pro Förderfall aus, bedeutet dies, dass jedes Jahr nur zwischen fünf und zehn Fachhochschulen hiervon profitieren werden. Allein NRW verfügt über 21 Fachhochschulen, die aus dem Stand in der Lage sind, erfolgversprechende Anträge in einem solchen Wettbewerb zu stellen – man kann sich leicht vorstellen, was da, bundesweit betrachtet, für die einzelne Hochschule übrigbleiben mag", veranschaulicht Baumann und fordert zudem: "Insbesondere bei den hochschulgesetzlich fixierten Forschungsaufgaben sind die Fachhochschulen deutlich unterfinanziert. Bei der Stärkung der Grundfinanzierung muss daher vor allem im Bereich Forschung ein wesentlicher Zuwachs erfolgen."
Offen bleibt aus Sicht der Fachhochschulen in NRW, was unter "kleinen Universitäten" zu verstehen sei, die ebenfalls zu 50 Prozent von diesem Programm profitieren sollen. "Diese Definition bleibt das Programm dem Vernehmen nach schuldig. Die Möglichkeit gemeinsamer Antragstellungen in Kooperation von Universitäten und Fachhochschulen bietet hingegen sicherlich die Chance, neue regionale Verbünde zu initiieren und bestehende Kooperationen zu intensivieren", so Baumann.